Предполагается, что предками бордер-колли были пастушьи собаки. Их родителями были массивные, крупные собаки, похожие на бернских зенненхундов (они оказались в Великобритании в 55 г до н. э. вместе с римлянами, преследовавшими захватнические цели), и шпицеобразные собаки, привезённые викингами на острова в период распада Римской империи.
Потомки от скрещивания этих собак отличались меньшими размерами, проворностью, ловкостью и их успешно использовали для выпаса овец в скальных, холмистых районах Шотландии, Уэльса.
Упоминание о собаках, под описание которых подпадает бордер-колли, имеется в книге «Английские собаки», выпущенной в 1576 году, автором которой является Йоханнес Кай (Johannes Caius). Упоминания о бордер-колли были и в литературе 18-19 века.
Порода бордер-колли возникла в Нортумберленде. Графство находится на границе Англии и Шотландии, поэтому и название соответствующее. Ведь «бордер» в переводе с английского означает «граница». В переводе с гэльского языка «collie» означает «полезный», но существует мнение, что название породы произошло от породы овец, которых собаки пасли. Овец с чёрной мордой называли «coaley», и вероятно, чёрно-белых собак тоже называли так же.
Впервые название породы в том виде, каком оно известно теперь – «бордер-колли», использовано в 1915 году Джеймсом Ридом – секретарём Международного общества пастушьих собак (ISDS). Под названием «бордер-колли» порода была внесена в регистрационные формы ISDS.
Изначально породу выводили для выпаса скота, особенно овец. Но тогда, в 16-ом веке, пастухам не приходило в голову регистрировать своих животных. Животные нужны были исключительно для выполнения пастушьих обязанностей.
Первые соревнования по пастьбе среди бордер-колли прошли в октябре 1873 года в Бала (Уэльс).
Автором породы является Адам Тельфер. Современные бордер-колли являются потомками Старины Хэмпа (1893-1901) – известного пса, обладающего выдающимися рабочими качествами. За 8 лет своей жизни пёс стал отцом более 200 щенков, большинству из них Старина Хэмп передал все свои лучшие характеристики, которые помогли собакам стать чемпионами. Пёс начал участвовать в соревнованиях с годовалого возраста.
После смерти Старины Хэмпа вклад в развитие породы сделал Old Kep, родившийся в 1901 году. Первые бордер-колли отличались настороженным, бдительным отношением к незнакомым людям. Old Kep же был добродушным псом. Черты характера передались потомкам, равно как и способность «фокусировать взгляд», помогающая контролировать овец.
В рамках селекционной работы отбор животных производился с учётом умения контролировать стадо, оценивалась ловкость, способность принимать решения при необходимости преодоления препятствий. С этой целью устраивались внутрипородные состязания, по результатам которых отбирали победителей, используемых в программе разведения. Внешность же не имела значения, всё внимание уделялось рабочим качествам, послушанию.
Многообразие цветовых вариаций бордер-колли объясняется смешанным происхождением. За историю развития породы бордер-колли вязали с белыми и коричневыми сеттерами, бородатой колли, длинношёрстными колли.
Если популярность бордер-колли среди пастухов была на пике, то обычные люди, жители городов не спешили обзаводиться пастушьей собакой. Но со временем, когда стало известно о развитом интеллекте собак, послушании, способности к обучению, их отношении к человеку, популярность стала увеличиваться.
В США и Австралию представителей породы впервые ввезли в 1880-х годах. В 1976 году породу официально признал Английский клуб собаководов.